Det bekräftar premiärministern Yoshihide Suga.
Regeringen hade hoppats på en "kort och kraftfull" nedstängning men antalet coronafall i Tokyo och Osaka är fortsatt höga, enligt finansministern Yasutoshi Nishimura som även ansvarar för pandemiåtgärderna. Nödläget skulle pågå till den 11 maj, men förlängs månaden ut.
– Speciellt Osaka är i en ganska farlig situation när det gäller sjukvårdssystemet, säger han enligt AFP.
– Vi har en stark känsla av att Tokyo snart kan hamna i samma situation som Osaka.
Runt 10 500 personer har dött i covid-19 i Japan som har drygt 126 miljoner invånare. Det kan jämföras med Sverige som har drygt 14 000 dödsfall.
Samtidigt växer en proteströrelse i Japan för att stoppa sommarspelen i Tokyo, som redan har skjutits upp ett år. Den kallas för "ställ in Tokyo-OS för att skydda våra liv" och har i nuläget över 230 000 underskrifter.
– Japaner tenderar att inte uttrycka sina åsikter men nu är det många människor som höjer rösten. Tillsammans med röster från utlandet, hoppas jag att OS ställs in tills vidare, säger organisatören Kenji Utsunomiya, en advokat som kandiderat för att bli guvernör i Tokyo flera gånger, till Reuters.
Enligt en opinionsundersökning som nyhetsbyrån Kyodo genomförde i april vill sju av tio japaner att OS ställs in eller flyttas helt.
OS i Tokyo invigs den 23 juli.