Strax före startskottet på den femte, onsdagens jaktstart i Toblach, hoppade han av längdtouren.
"Johan Häggström väljer efter dagens uppvärmning att inte starta. Det är ingen sjukdom men han väljer att avstå och ladda mot kommande tävlingar i stället", skriver Svenska skidförbundet i ett pressmeddelande.
Häggström inledde Tour de Ski med att nå kvartsfinal i sprint. I de efterföljande distansloppen har han resultatraden 55–59–57.