Mannen var ute och fiskade tillsammans med familj och vänner när fisken tog ett skutt ur vattnet och kastade sig in i sällskapets båt.
Det är oklart exakt vad för typ av fisk det rörde sig om, men enligt en lokal fiskare tros det ha varit en 18-kilos makrill, rapporterar ABC News.
Delstatspolis i Northern Territory (NT) beskriver olyckan som en "freak incident".
– Det är otroligt uppskakande för människorna som befann sig i båten och för annan familj och vänner till mannen, säger en lokal polis, enligt AFP.
2018 fick en kvinna halsen uppskuren av en hoppande makrill under en fisketur i närheten av Darwin. Kvinnan överlevde attacken.