Avtalet skrevs på i Genève, Schweiz, på lördagen. Det handlar om ett samarbete där IOK och WHO tillsammans ska bidra till att uppmuntra människor till en hälsosam livsstil, bland annat genom fysisk aktivitet.
Coronakrisen har visat hur viktig idrotten är för samhället, säger IOK:s ordförande Thomas Bach.
"De senaste månaderna, under den pågående krisen, har vi alla sett hur viktigt det är med idrott och fysisk aktivitet för att säkerställa ett fysiskt och psykiskt välmående. Idrotten kan rädda liv", säger Bach i ett pressmeddelande.
Nyttiga råd
IOK tog tidigare hjälp av WHO när man bestämde sig för att flytta fram sommarens OS i Tokyo till nästa år, och nu tänker man sig ett liknande samarbete.
"Vi kommer ha nytta av WHO:s råd när vi ska ta oss an utmaningarna som ett samhälle efter coronaviruset innebär, och där hälsan kommer att spela en mycket mer framstående roll", säger Thomas Bach.
Man listar flera huvudsakliga målsättningar. Bland annat avser man att utöka informationsspridningen kring vikten av fysisk aktivitet, och man vill också lyfta idrottandets effekter på förebyggandet av icke smittsamma sjukdomar som diabetes, hjärtproblem och övervikt.
"Nycklarna till god hälsa"
Den typen av sjukdomar orsakar miljontals dödsfall i världen varje år, skriver man.
"WHO arbetar inte bara med att bekämpa sjukdomar, utan också med att hjälpa människor att leva ett så hälsosamt liv som möjligt, och det här samarbetet syftar till att göra just det. Fysisk aktivitet är en av nyckarna till god hälsa och välmående", säger WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyseus.