– Jag är fast besluten att förverkliga ett tryggt och säkert spel, som ett bevis på att mänskligheten kommer att övervinna viruset, säger premiärminister Yoshihide Suga enligt nyhetsbyrån AFP.
IOK kallar i ett uttalande uppgifterna "kategoriskt osanna".
Dementierna kommer efter att brittiska The Times rapporterat om att de olympiska spelen kommer att ställas in.
– Ingen vill vara den första som säger det, men konsensus är att det blir alltför svårt, säger en regeringskälla till The Times, om huruvida OS kan fullföljas.
Spridningen av covid-19 anses vara för omfattande och regeringen arbetar med att försöka komma fram till hur man ska meddela att spelen måste ställs in, uppger källan. I stället påstås Tokyo nu vilja satsa på att få nästa OS på tur som inte redan tilldelats en värdstad, det som ska hållas 2032.
Regeringen dementerar
Regeringen har snabbt meddelat att uppgifterna inte stämmer.
– Vi kommer helt klart att dementera artikeln, sade Manabu Sakai, biträdande pressekreterare för regeringen, på en presskonferens under fredagen, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
Premiärminister Yoshihide Suga dementerar inte uttryckligen uppgifterna, men säger att regeringen arbetar för att OS ska bli av.
Organisationen för Tokyo-OS ger i ett uttalande ett svar liknande premiärministerns:
"Premiärminister Suga har med bestämdhet uttryckt att spelen ska genomföras, regeringen håller i en rad samordningsmöten gällande insatserna mot covid-19 och genomför grundliga åtgärder mot viruset för att kunna arrangera spelen", skriver OS-arrangörerna, enligt AFP.
Redan skjutits upp
OS har redan skjutits upp ett år och arrangörerna har sedan tidigare sagt att det inte kommer att vara aktuellt att flytta spelen ytterligare.
Såväl Internationella olympiska kommittén (IOK), som Japans regering och landets olympiska kommitté har offentligt hela tiden hållit fast vid att spelen kommer att invigas som planerat. Så sent som på torsdagen försäkrade IOK:s ordförande Thomas Bach att tävlingarna blir av.
– Just nu har vi över huvud taget inga skäl att tro att OS i Tokyo inte kommer att invigas den 23 juli, sade Bach till Kyodo News.
Många japaner är dock skeptiska till att fullfölja spelen. Runt 80 procent av befolkningen vill inte att OS genomförs i år, har opinionsmätningar visat.
Landets 126 miljoner invånare har hittills klarat sig relativt lindrigt undan covid-19. Drygt 4 800 dödsfall har rapporterats och 350 000 har konstaterats med smittan i Japan, men smittspridningen har ökat kraftigt den senaste månaden och i stora delar av landet råder för tillfället undantagstillstånd.