Gesten används som en del i Black lives matter-rörelsen för att protestera mot rasism och polisvåld mot svarta.
"Vi ber om ursäkt till våra spelare – särskilt våra svarta spelare – till personalen, fansen och alla som stödjer att rasism ska utrotas", skriver förbundet.
Förbudet mot att gå ner på knä infördes 2017, sedan USA:s superstjärna Megan Rapinoe knäböjt under nationalsången för att visa sitt stöd för Colin Kaepernick, den spelare i ligan för amerikansk fotboll, NFL, som fick stor uppmärksamhet när han började knäböja under nationalsången säsongen 2016.
"Det har blivit uppenbart att den här regeln är fel och frångår det viktiga budskapet i Black lives matter-rörelsen", meddelar förbundet och fortsätter:
"Vi har inte gjort tillräckligt för att lyssna – särskilt inte på våra spelare – för att förstå och medge de faktiska och betydelsefulla upplevelser som svarta och andra minoriteter har i vårt land", säger förbundet.