34-åringen hade vässat formen ordentligt inför mästerskapet och tog sig i januari över sex meter för första gången på fem år. En månad senare drog han till med 6,06.
Men det blir ingen medverkan i årets inne-EM i polska Torun.
"Hårt slag. Jag tvingas ge upp EM. Under min träning i morse kände jag en skarp smärta i min högra vad. Jag vill inte förvärra skadan och riskera att äventyra OS", skriver han på Twitter.
Lavillenie har varit Armand Duplantis idol sedan han var liten och är fortfarande en stor inspirationskälla. Att han tvingas dra sig ur är ett hårt slag även för "Mondo"
”Det är jättesorgligt. Det kommer inte bli samma sak utan honom i startfältet. Jag snackade med honom direkt efter, det är en försiktighetsåtgärd inför sommar-OS. Han kommer komma tillbaka”, skriver Duplantis i ett sms till Aftonbladet.
Stavhoppsfinalen avgörs på söndag.