Händelsen uppges ha skett 2016 och rapporterats till Nike under 2018. En anställd på företaget ska ha anklagat brasilianen för sexuella övergrepp.
Men Neymar förnekar att han vägrade att samarbeta i någon utredning.
"Att hävda att kontraktet avslutades för att jag inte samarbetade i en utredning är en absurd lögn", skriver 29-åringen på Instagram.
"Jag fick inte möjlighet att försvara mig själv. Jag fick inte möjlighet att veta vem den här personen, som ska ha blivit utsatt, var. Jag känner henne inte ens. Jag har aldrig haft någon relation eller kontakt med den här personen".
Nike knöt till sig Neymar redan när han var 13 år gammal och en av världens mest lovande fotbollstalanger. 29-åringen tillhörde skoföretaget i 15 år innan de gick skilda vägar.
Utredningen ledde inte fram till något. Men Nike hävdar att avtalet avslutades just på grund av att Neymar inte ville medverka i den.
"Nike bröt samarbetet med idrottaren för att han vägrade att samarbeta i en undersökning av trovärdiga anklagelser om en förseelse mot en anställd", säger en talesperson för företaget till Wall Street Journal
En talesperson för Paris Saint-Germain-stjärnan säger, tvärtemot Nike, att kontraktet bröts av kommersiella skäl.