"Jag är väldigt ledsen, men mår helt okej med lindrigare symptom", säger norrmannen i ett pressmeddelande från Norges skidförbund.
I ett inlägg på Instagram konstaterar Granerud att "detta betyder uppenbart att mitt världsmästerskap är över".
Ingen annan i Norges trupp anses ha haft tillräckligt nära kontakt med Granerud för att behöva sättas i karantän, säger hoppchefen Clas Brede Bråthen vid en digital pressträff.
De norska damerna, med Maren Lundby i spetsen, som ska tävla i Oberstdorf redan på onsdagskvällen tog nya PCR-tester på tisdagen. Samtliga var negativa och de ser därmed ut att kunna tävla som planerat. Hela den norska backhoppartruppen ska testas på nytt under onsdagen.
24-årige Halvor Egner Granerud leder den totala världscupen och har haft en fenomenal säsong i hoppbacken, med elva segrar. Han inledde VM med en fjärdeplats i normalbacke och var storfavorit till guldet i stora backen, där kvalhoppningen avgörs på torsdagen och finalen på fredagen.