De senaste veckorna har i genomsnitt 800 personer bekräftats smittade, mot 700 månaderna dessförinnan.
Den ryska hälsomyndigheten säger att det är en naturlig cykel av virusaktiviteten. I staden har ett veteransjukhus med 876 bäddar gjorts om för att kunna ta emot coronapatienter.
I S:t Petersburg ska Sverige möta Slovakien den 18 juni och Polen den 23 juni.