Guvernören i Osakaprefekturen, Hirofumi Yoshimura, krävde att fackelstafetten skulles ställas in på grund av att coronafallen ökar i området.
Senare under dagen meddelade Japans premiärminister, Yoshihide Suga, att så blir fallet efter att man infört hårdare restriktioner i Osaka och två andra prefekturer.
Men arrangörskommittén för Tokyo-OS hävdar att det inte stämmer. I ett mejl till Reuters skriver de att de arbetar med Osaka för att komma fram till ett beslut som ska kommuniceras så snart som möjligt.
OS-elden är tänkt att färdas genom Osaka 13–14 april.
Facklan är planerad att föras genom landets 47 prefekturer av 10 000 olika löpare innan den anländer i Tokyo för invigningsceremonin den 23 juli.
Åskådare tillåts följa stafetten förutsatt att alla bär munskydd, håller avstånd och inte jublar.