I en artikel i brittiska The Guardian skriver Bach att OS enande kraft bara kan få genomslag om alla respekterar varandra.
Han varnar för att spelen annars kommer att "sänka sig till att bli en arena för alla typer av manifestationer, som riskerar att splittra snarare än ena".
Internationella olympiska kommittén (IOK) har fått ta emot mycket kritik för beslutet i år, då flera idrottare redan genomfört aktioner till stöd för Black lives matter.
Thomas Bach, som själv deltog i OS 1976, skriver bland annat att "ibland måste yttrandefriheten, som deltagarna också åtnjuter under OS, stå tillbaka för fokus på sporten."
För bara ett par veckor sedan gick Sebastian Coe, ordförande för internationella friidrottsförbundet och nyinvald ledamot av IOK, ut och gav sitt stöd till de idrottare som vill knäböja under OS i sympati med Black lives matter "så länge det görs med "total respekt" för de övriga tävlande.