"Vi bestämmer när ni tränar" och "Glazer out", gick att läsa på banderoller som supportrarna hade med sig.
Den amerikanska ägarfamiljen Glazer har kritiserats hårt efter försöket att ansluta till den nya superligan. Men efter massiva protester meddelade de i tisdags att de hoppar av projektet som nu ligger på is.
Något som har resulterat i att Uniteds vd Ed Woodward tvingas avgå efter säsongen.
De maskerade personerna hade även en annan banderoll med krav på införandet av 51-procentsregeln i engelsk fotboll. Regeln finns redan i Sverige och innebär att klubbar inte kan majoritetsägas av personer eller företag.
Senare under torsdagen bekräftade Manchester United att protestaktionen ägt rum.
”Vid 09:00 fick en grupp komma in på anläggningen. Managern och andra talade med dem. Byggnaderna är säkrade och gruppen har nu lämnat platsen”, sade de i ett uttalande till BBC.