Den 65-åringe klubbikonen Karl-Heniz Rummenigge har varit en del av Bayerns ledning i 30 år. 1991 utsågs han till vice ordförande, och 2002 blev han vd. Under den perioden har klubben tagit 19 ligatitlar och vunnit Champions League tre gånger.
"Det är den strategiskt vettigaste och mest logiska tidpunkten (att lämna)", säger Rummenigge i ett uttalande.
"Det är med stolthet och tillfredsställelse som jag lämnar över klubben i ett bra tillstånd på ett sportsligt, såväl som finansiellt och strukturellt, plan."
Rummenigge fostrades även i Bayern München som spelare och tillbringade tio år i A-laget mellan 1974 och 1984. Den tidigare anfallaren är klubbens tredje bästa målskytt genom tiderna med 162 fullträffar.
Nye vd:n Oliver Kahn representerade också Bayern som spelare, i 14 år mellan 1994 och 2008. 51-åringen var bland annat med när den tyska storklubben vann Champions League 2001.