Därmed har huvudstadslaget tolv raka segrar utan förlust, och ligger fortsatt stabilt på en tredje plats i La Liga med 62 poäng.
Första Morata-målet kom på straff i 25:e minuten. Straffen räddades, men en Mallorcaspelare hade för tidigt tagit sig in i straffområdet och Morata gjorde inga misstag vid sitt andra försök.
Strax innan halvtidsvila satte han sitt andra mål i öppet nät. Koke avslutade matchens målskytte i den 76:e minuten.