Efter det mållösa League Championship-mötet med Birmingham publicerade han ett meddelande som skickats till honom efter matchen i tisdags.
Det innehöll ordet apa och ett antal emojier som apor och bananer.
"Vi är förskräckta över att se ännu mer ryggradslösa och rasistiska påhopp riktade mot Ivan Toney på Instagram", skriver klubben på Twitter.
"Detta måste sluta. Nu."
Det är andra gången i år som Toney utsätts för påhopp på sociala medier. Första gången skedde i januari och ledde till att Facebook stängde av ett Instagram-konto.