Den 67-sida rapporten som döpts till "Jag blev slagen så många gånger att jag inte kan räkna", tar upp vittnesmål från över 800 idrottare i 50 sporter och släpptes i sin helhet under måndagen. Enligt undersökningen har 18 procent utsatts för psykiska övergrepp.
"Tränaren sa att jag inte var seriös nog med löpningen, så han kallade in oss och slog mig i ansiktet framför alla. Jag blödde, men han slutade inte slå mig", säger en professionell idrottare.
Av 381 tillfrågade vittnar 19 procent om att de blivit utsatta för fysiskt våld.
"De specificerade övergreppen vi dokumenterat inkluderar knuffar, sparkar eller slag med föremål, och överdrivet eller otillräckligt med mat och vatten, sade Minky Worden, talesperson för människorättsorganisationen på en presskonferens.
Det är inte första gången japansk ungdomsidrott hamnar under lupp. 2013 gjorde landets olympiska kommitté en kraftansträngning för att göra sig av med våldet inom idrotten sedan en intern undersökning visat att tio procent av atleterna utsatts för mobbning och trakasserier. Något som också gjorde att judoförbundet blev av med sitt bidrag.
Enligt Human Rights Watch är övergrepp mot barn inom idrott ett globalt problem. Människorättsorganisationen menar att det inte gjorts tillräckligt i Japan och skickar nu en känga till förbundet.
"Human Rights Watch uppmanar Japan att vidta åtgärder och visa vägen i hanteringen av den här globala krisen, säger Minky Worden.