Championship-klubben Stoke hade redan hunnit anlända till Uniteds träningsanläggning när de informerades om O'Neills positiva test. Tränaren hade testat negativt under de tidigare fem testomgångarna, meddelar Stoke i ett uttalande.
"Han kommer nu att följa lämpliga riktlinjer och genomgå en period av isolering, medan han fortsätter att ha digital kontakt med sina träningskollegor och spelare", skriver klubben.
Fotbollen har varit pausad i England sedan mitten av mars, men Premier League planerar att dra i gång den 17 juni, medan andraligans omstart sker tre dagar senare.