Fischer reste till Schweiz i söndags efter att hans svärfar dött. Tränaren återvänder till Berlin på lördag, men får vara tillbaka på tränarbänken först när han testat negativt för coronviruset två gånger.
Därmed är det assisterande tränarna Markus Hoffmann och Sebastian Bönig som leder laget mot serieledaren.
Union Berlin är nykomling i högstaligan och ligger elva i tabellen, 25 poäng efter Bayern.
Bundesliga är först ut av de stora europeiska fotbollsligorna att återuppta säsongen bakom stängda dörrar trots coronapandemin.