Efter att ha krossat Köln med 6–1, samtidigt som Düsseldorf föll mot Union Berlin, står det klart att fotbollsklubben i stället kommer få kvala för att hålla sig kvar.
Den svenske landslagsstjärnan Ludwig Augustinsson fanns med i truppen men fick ingen speltid i dagens match.
På söndag avgörs den tyska andraligan och då blir det klart vilket lag Werder Bremen ska kvala mot.
Düsseldorf, där tidigare Malmö FF-tränaren Uwe Rösler numera är tränare, åker ur Bundesliga tillsammans med Paderborn.
Bayern München är sedan tidigare klara tyska mästare.
Tabelltvåan Dortmund föll tungt mot Hoffenheim, 0–4. Samtliga mål gjordes av kroaten Andrej Kramaric.