Flaskan landade mellan Brooklynspelarna Kyrie Irving och Tyler Johnson, och efter matchen har polisen i Boston gripit en person i publiken. Personen riskerar också livstids avstängning från Bostons matcher.
– Det är olyckligt att idrott har kommit till ett vägskäl där många gamla tillvägagångssätt är tillbaka, säger Irving efter matchen.
– Det har under en lång tid funnits underliggande rasism och folk som behandlar andra som att de är på ett mänskligt zoo, säger han.
Kyrie Irving spelade i Boston mellan 2017 och 2019, och efter övergången till Brooklyn har det funnits en del ont blod mellan stjärnan och Bostonsupportrar.
I samband med att restriktionerna i USA har lindrats har alltmer publik börjat släppas in på läktarna. Men incidenten är den senaste i raden av händelser där beteendet på läktarhåll har skapat rubriker.
Förra veckan fick Washingtons stjärna Russell Westbrook popcorn hällt över sig av en supporter i Philadelphia. Och när Atlanta gästade New York fick Trae Young en spottloska riktad mot sig.
Kyrie Irvings lagkamrat, Kevin Durant, menar att det måste bli bättring.
– Fans måste växa upp någon gång. Vi är inga djur, vi är inte på cirkus. Ha lite respekt för sporten, ha lite respekt för människor och ha lite respekt för dig själv. Din mamma skulle inte vara stolt över dig om du kastade vattenflaskor på basketspelare, spottade mot spelare eller kastade popcorn, säger han.