Jämtland ledde med 19–16 efter den första perioden, men Södertälje kom tillbaka och vann till slut med klara 86–75.
Trevin Parks visade vägen för hemmalaget med 27 poäng, fem returer och fem assist.
Semifinalserien avgörs i bäst av sju och den tredje matchen spelas på tisdag i Östersund.
Södertälje är storfavoriter i årets basketslutspel efter att ha vunnit grundserien och tagit fyra SM-guld sedan 2013. Det senaste kom 2019.