Flaggan som användes av sydstaterna under det amerikanska inbördeskriget är i mångas ögon en symbol för rasism och slaveri, men har varit populär bland många Nascar-supportrar.
Flaggan förbjöds den 10 juni efter kraftiga påtryckningar där flera svarta idrottsstjärnor varit drivande, däribland Nascar-föraren Bubba Wallace.
Elva dagar efter förbudet hittades en snara i Wallaces depå, något som Nascar såg som en rasistisk handling. FBI undersökte ärendet och drog slutsatsen att snaran hängt där sedan i oktober.
Under måndagen gick Trump ut på Twitter för att kritisera Nascar och Wallace.
"Har Bubba Wallace bett om ursäkt till alla de stora Nascar-förarna och arrangörerna som stöttade honom, stod vid hans sida och var villiga att offra allt för honom, bara för att få reda på att det bara var en bluff?", skriver han.
"Det och flaggbeslutet har gett de lägsta tittarsiffrorna någonsin", fortsätter presidenten.
Siffror från Nascar visar emellertid att tittarantalet ökat med 30 procent jämfört med i fjol, rapporterar Speed Report.