– Det verkar inte som om Aiba gjort en tillräcklig kontroll innan man bestämde VM-ort, trots att IOK återkommande bett dem göra det, säger en talesperson för IOK.
Aiba säger till sitt försvar att de trodde att de aktiva skulle få komma in i landet.
"Vi är nu i kontakt med tävlingsarrangören, Serbiens boxningsförbund, i ett försök att lösa situationen", säger Aiba ett uttalande.
Serbien erkänner inte Kosovo efter att Kosovo förklarat sig självständig från Serbien 2008.
IOK stängde av Aiba 2019 på grund av misskötsel samt ekonomiska och etiska oegentligheter, och tog ifrån boxningsförbundet rätten att arrangera kval och tävlingar i OS i Tokyo.
– Därför ser vi allvarligt på den här incidenten, som skadar aktiva från Kosovo, säger IOK:s talesperson.
VM i boxning startade på söndagen i Belgrad och pågår till den 6 november.