Quintana, 32, har fråntagits sin sjätteplats i Tour de France efter att tester visade att han har haft spår av Tramadol i kroppen. Nu meddelar han att han inte kommer att cykla Spanien runt som inleds i morgon, fredag.
Det smärtstillande läkemedlet har funnits på en lista över förbjudna ämnen från Internationella cykelförbundet (UCI) sedan 2019.
– Jag föredrar att åka hem, organisera och förbereda mitt försvar efter nyheterna som nådde mig i går, säger Quintana, Vuelta-mästaren 2016, i en video som lades upp på hans Instagram-konto.
Quintana antydde att han kommer att överklaga sin diskvalificering från Tour de France och har förnekat att han tagit tramadol.
Efter att ha "kunnat reflektera under natten" kände han att han inte är i stånd för att delta i Vueltan.
– Så, under de kommande 10 dagarna kommer jag att jobba för att bevisa att jag inte har några problem, och jag hoppas att vi ses i de kommande tävlingarna, säger han.
Quintana vann Giro d'Italia 2014 och Spanien runt 2016. Han har slutat tvåa i Tour de France vid två tillfällen.