Den 32-åriga cyklisten, som skulle ha gjort sitt tredje OS, har som bäst en 17:e plats från tempoloppet i London 2012.
"Jag har inte haft den uppladdning jag ville inför spelen med sjukdomar, krascher och operationer de senaste åren. Jag har drömt om en OS-medalj. Jag vill inte åka till Tokyo på semester. Jag ville vara i mitt livs form och prestera – inte åka dit för att titta på naturen", säger Fahlin i ett pressmeddelande.
Emilia Fahlin missade också VM i höstas efter ett fall i Giro d'Italia som tvingades henne till en handoperation.
Fahlin tog beslutet att avstå OS i samråd med förbundskaptenen Lucas Persson.
"OS har varit ett stort mål för Emilia och hon är så klart väldigt besviken att hon inte kommer till start", säger Persson.