Svenskan, tillsammans med sin pilot Anna Svärdström, förlorade spurtuppgörelsen med brittiskan Sophie Unwin knappt. Irländskan Katie-George Dunlevy vann med sju sekunders marginal till de andra medaljörerna.
Trion var i särklass i det 92,4 kilometer långa loppet och var drygt tre minuter före fyran Justyna Kiryla från Polen.
– Vi hade som mål att försöka få till en utbrytning, allra helst med inte fler än tre par och det lyckades vi med så småningom, säger Svärdström.
Trion gick loss ungefär halvvägs. Det brittiska paret som tog silver i tempo var på väg att komma ikapp, men då lade tättrion i en extra växel och drog ifrån.
Växelproblem
Dunlevy drog ifrån inför målgången på formel 1-banan Fuji International Speedway.
– Irländskorna gick på en riktig långspurt och vi hade inte riktigt benen att gå med i rygg. Jag som pilot fattade också beslutet att låta brittiskorna gå om så att vi fick deras rygg att gå på. Vi ville inte ta vind i det långa upploppet, säger Svärdström.
– Tyvärr fick vi inte den bästa resan på upploppet, de fick en lucka och vi fick jobba på hårt att komma upp i deras rygg. Men vi gav dem en riktig match, men klarade inte att ta det sista framhjulet.
Jannering och Svärdström hade också växelproblem med sin tandemcykel. Det var så svårt att komma upp från den lilla framhjulsklingan till den stora att paret valde att inte gå ner på en lägre växel i slutdelen av den långa backen.
– Vi gjorde vad vi kunde med förutsättningarna som vi hade, men våra ben var lite rökta uppför den den sista knixen, säger Svärdström, som är väldigt nöjd med två medaljer i Paralympics.
"Hade så roligt"
– Det är ofattbart att vi i det här vädret hade så roligt. Vi körde så himla bra, både nerför och uppför.
I och med Jannerings andra brons i Paralympics har Sverige infriat målet med sju medaljer. Det har även blivit ett guld och fyra silver.