Olyckan inträffade drygt sex mil från mål och flera cyklister var inblandade. Den dubble världsmästaren slog i ett träd och landade i ett dike.
Alaphilippe, liksom andra inblandade i kraschen, fördes till sjukhus för vård, skriver Quickstep i ett pressmeddelande.
Två brutna revben, ett brutet skulderblad och en kollapsad lunga blev resultatet för fransmannen som nu kraschat tre gånger under säsongen.
Stallkamraten Ilan Van Wilder bröt käken i samma krasch.
Båda är inlagda för observation men läget ska vara stabilt.
Vann loppet gjorde en annan Quickstep-åkare, belgaren Remco Evenepoe.