Det står klart efter klättringarna i den 15:e etappen i cykelklassikern, från Lyon till Col du Grand Colombier.
Den 23-årige colombianen tappade drygt sju minuter på konkurrenterna på den drygt 17 mil långa etappen.
– Jag fick slita redan i den första klättringen. Jag tror att jag förlorade tre år av mitt liv i dag. Jag körde full gas och hoppades på ett mirakel som aldrig kom, säger en utmattad Bernal.
Han har plågats av ryggsmärtor inför touren, men ville inte skylla på det efter debaclet som grusade hoppet om att nå en topplacering när Tour de France avslutas i Paris nästa helg.
– Jag tror inte att pallen är en möjlighet längre, jag vet inte ens hur långt efter jag gick i mål, säger han.
– Jag måste bara sätta mig på lagbussen, vila, tänka över etappen och se vad mitt stall vill.
Slovenen Primoz Roglic är kvar som etta totalt, 40 sekunder före landsmannen Tadej Pogacar.