23-åringen gick i mål som delad etta under den första etappen, men körde ihop med landsmannen Dylan Groenewegen, åkte över en reklamskylt och kolliderade med en kameraman.
Jakobsen har nu försatts i koma och enligt tävlingsläkaren är hans skador livshotande.
"Tyvärr är det allvarliga huvud- och hjärnskador. Han har förlorat mycket blod. Han är väldigt stark, jag hoppas att han överlever", säger tävlingsläkaren Barbara Jerschina enligt AFP.
Det internationella cykelförbundet UCI, har publicerat ett uttalande där man fördömer händelsen som farligt beteende och anklagar Groenwegen för att ha orsakat kraschen samt diskvalificerat honom från tävlingen.
"Den tävlande som orsakade olyckan körde felaktigt, eftersom han såg att någon var på väg förbi på högersidan och började köra åt höger", säger tävlingsdirektören Czeslaw Lang.
Jakobsen ses som en framtida stjärna och blev ifjol känd för den breda massan när han vann två etapper på Vuelta a España, ett av de största loppen inom cykelsporten.