Enligt lokaltidningen Illawara Mercury kommer 27-åringen att ställas inför domstol på tisdag.
Enligt belgiska Sporza ska van der Poel ha störts av stök i korridoren på lördagskvällen, och ungdomar ska ha återkommande ha knackat på hans dörr.
– Efter några gånger fick jag nog. Jag bad dem inte direkt snällt att sluta. Och då tillkallades polis, sade han inför söndagens lopp, enligt Cyklingtips, och beskriver situationen som en smärre dispyt.
Enligt anmälan ska den nederländske cyklisten ha kommit ut ur sitt rum och i korridoren uppstod bråk, där ena flickan ska ha puttats omkull och den andra ha fått en knuff in i väggen.
Polisen grep van der Poel och tog med honom till stationen i Kogarah, söder om Sydney, och han släpptes först på morgonkvisten, enligt tidningen, som erfar att hans pass beslagtagits.
Mathieu van der Poel startade söndagens linjelopp i utkanterna av Wollongong, men avbröt senare loppet.
– Han sov inte på hela natten och var även mentalt lite knäckt, säger Christoph Roodhooft, chefen för hans lag Alpecin-Deceuninck, enligt AFP.