Förbudet gäller idrottare som bytt kön efter (den manliga) puberteten och i samtliga tävlingsklasser på damsidan.
Beslutet kommer efter att amerikanen Austin Killips i maj blev den första transperson att vinna en etapp på UCI-nivå. Segern kom under sista dagen av Tour of the Gila i New Mexico.
Hon tackade för stödet då.
– Det visar att Twitter inte är verkligheten, sade hon enligt NTB.
Därefter har kritiken mot hur UCI hanterat frågan ökat. Bland annat har trefaldiga OS-silvermedaljören Inga Thompson anklagat UCI för att "döda kvinnornas cykling".
De nya reglerna gäller från den 17 juli och UCI meddelar att man ska delfinansiera "forskning ämnad att studera förändringarna i fysisk prestation hos högpresterande idrottare som genomgått hormonterapi i syfte att byta kön".
"Har en skyldighet"
Enligt UCI:s ordförande David Lappartient är det förbundets plikt att göra proffstävlingarna rättvisa för alla.
"Först och främst vill UCI understryka att cykling – som tävlingssport, fritidsaktivitet eller transportmedel – är öppet för alla, inklusive transpersoner. Däremot har vi en skyldighet att garantera lika möjligheter för alla deltagare i cykeltävlingarna", säger han.
Cyklingen följer därmed simningen som också infört restriktioner kring transpersoner på elitnivå.
Internationella simförbundet Fina införde i fjol en policy om att en person som fötts som man ska ha genomgått en könskorrigering innan tolv års ålder för att få tävla mot kvinnor.
Sporten har varit särskilt uppmärksammad efter amerikanen Lia Thomas dominans på collegenivå. 2022 blev hon första transkvinna att vinna ett collegemästerskap i simning.
Friidrotten följde simningen
Även friidrotten har tagit liknande steg genom att stoppa transpersoner från att tävla i damklasserna. Ett beslut som både hyllats och kritiserats.
Brittiska löparen Emily Diamond kallade det "ett stort steg för rättvisan", medan Ricki Coughlan, en av Australiens första transpersoner inom elitlöpning, var mindre imponerad.
– De hatkrafter som finns där ute, som inte vill att transpersoner ska existera i vårt samhälle, kommer att ta det här som en seger och säga "okej, låt oss gå vidare till nästa sak", sade hon.