"Det var förstås inte så här jag ville att mitt Tour de France skulle sluta, men jag håller med om att det är det bästa för mig under de rådande omständigheterna", säger 23-åringen i ett pressmeddelande från stallet Ineos.
Bernal hade ryggbesvär inför touren men lyckades ändå hänga med i täten i början av det klassiska etapploppet. Den senaste tiden har han dock tappat så pass mycket att en ny titel inte längre är möjlig att ta.
Stallet säger i pressmeddelandet att de känner att det är klokast att låta Bernal hoppa av och sätta nya mål för resten av säsongen.