Thomas fick en fraktur i bäckenet när han kraschade på uppvärmningen inför måndagens tredje etapp. Walesaren körde på en vattenflaska i full fart. Han körde etappen, men var mer än elva minuter efter.
– Det är så frustrerande. Jag har jobbat så hårt inför det här loppet och var i lika bra, om inte bättre, form än när jag vann Tour de France (2018), säger Thomas.
– Det är lite lättare att ta beslutet när man vet att det är en fraktur, för jag vill förstås inte förvärra det.
Även 2017 bröt Thomas Giro d'Italia, fem dagar efter att han åkt omkull i en krasch där en av Girots motorcyklar var inblandade.
Thomas var stallet Ineos-Grenadiers toppcyklist i Giro d'Italia och en av favoriterna till slutsegern.