Trots det behåller slovenen ledningen i den totala ställningen, 24 sekunder före tvåan Richard Carapaz från Ecuador och 47 sekunder före trean, britten Hugh Carthy.
Roglic har därmed en gyllene chans att försvara sin seger från förra året och ta revansch från den snöpliga andraplatsen i Tour de France, där han ledde fram till avslutningshelgen.
Under söndagen körs den sista etappen som går i mål i Madrid.