Prudhomme kommer att sitta isolerad i en vecka och kan som tidigast vara tillbaka till den 17:e etappen. François Lemarchand tar över som tour-chefen under tiden.
Prudhomme hade sällskap av den franska premiärministern Jean Castex i bilen under lördagens åttonde etapp från Cazères-sur-Garonne till Loudenvielle. Därför ska Castex nu också testas.
Positivt för touren är att ingen utövare har testats positivt under måndagen.
– Jag är inte alls förvånad. Åkarna lever som munkar eller soldater, säger Christian Prudhomme om de strikta reglerna som gäller i tävlingsbubblan.
Rättad version: Korrekt information om premiärministern.