Kvalet i São Paulo präglades av regn där förarna till slut klev ur sina bilar flera minuter innan kvalet var över. Förutsättningarna gjorde det omöjligt att förbättra tiderna.
Medan flera F1-stjärnor var besvikna över hur kvalet utspelade sig jublade Magnussen desto mer då han släppte loss, hoppade på bilen och jublade efter sin första pole position på 139 racestarter.
Kevin Magnussen gjorde comeback i formel 1 den här säsongen efter att ha varit borta i fjol. Inför den här säsongen ersatte dansken den ryske föraren Nikita Mazepin, som blev utkastad av Haas efter Rysslands invasion av Ukraina.
– Jag kom tillbaka efter ett svårt år, det har varit en otrolig resa, säger Magnussen.
Danmark är den 24:e nationen som har en förare i pole position.
Red Bulls Max Verstappen startar tvåa i lördagens sprint, medan Mercedes George Russell startar trea. Vinnaren av lördagen sprint intar pole position i söndagens grand prix-tävling i Brasilien.
Verstappen blev världsmästare i Japan för en månad sedan och hans stall, Red Bull, har sedan tidigare även säkrat konstruktörsmästerskapet.