Dessa är den tidigare ordföranden Nicolas Leoz, som avled i fjol, samt Eduardo Deluca, som var generalsekreterare i 23 år.
"Båda var anklagade för att ha missbrukat sina positioner och olagligen berikat sig själva och möjligen andra personer", skriver den schweiziska åklagarkammaren i ett uttalande.
Leoz och Deluca var anklagade för att ha tagit emot mutor i utbyte mot tv-rättigheter av Conmebols turneringar, inklusive sydamerikanska mästerskapen och klubblagsturneringen Copa Libertadores.
Conmebols ordförande Alejandro Dominguez skriver på Twitter att återförandet av pengarna var historiskt.
"Det som fotbollen genererar ska stanna i fotbollen", skriver han.
Conmebol har även fått motsvarande 119 miljoner kronor från olika bankkonton i Paraguay och USA att lägga till pengarna från Schweiz. Allt härstammar från Fifa-skandalen som började rullas upp 2015. I den var 42 personer - de flesta latinamerikanska affärsmän, före detta fotbollspampar och sportföretag - anklagade för brott som rörde betalningar av mutor för 1,7 miljarder kronor.