Gästerna från Småland var även det lag som tog ledningen efter 28 minuters spel.
Efter ett inlägg från vänsterkanten dök Marcus Antonsson upp inne i boxen och vinklade in 1–0. Anfallarens tionde mål för säsongen.
Yasin Ayari kvitterade strax innan halvtid med ett avslut strax utanför straffområdet.
John Guidetti trodde sedan att han hade gjort 2–1 för AIK kvarten in på andra, men anfallaren blev avblåst på grund av för hårt spel.
I stället gjorde Värnamo 2–1 minuter senare, återigen genom Antonsson. Med sina elva fullträffar är IFK-anfallaren nu tvåa i den allsvenska skytteligan.
– Det stämmer bra just nu. Jag är effektiv och gör mål på mina lägen. Det är trevligt när man kan bidra till laget, säger Antonsson till Discovery+.
AIK gav sig inte och fick in ytterligare en kvittering genom Mikael Lustig i den 78:e minuten.
2–2 och delad pott på Friends arena.
– Möter vi Värnamo på hemmaplan ska det inte vara en jämn match, utan vi ska skapa så mycket att vi ska vinna matchen. Det är kvaliteten som inte håller, säger Lustig.
AIK är femma i allsvenskan med 32 poäng, fem poäng bakom Djurgården som leder serien.
Värnamo är tolva med sina 18 poäng.