Detta efter att Rubiales kysst VM-guldmedaljören Jennifer Hermoso på munnen efter finalen mot England (1–0) för en dryg vecka sedan.
Hermoso har beskrivit kyssen som ett övergrepp. Rubiales menar att den skedde i samtycke.
"Den sexuella akten som Jennifer Hermoso utsattes för var, av hennes offentliga uttalanden att döma, inte i samtycke", säger åklagarna i ett uttalande.
Juridiska experter kommer att kontakta spelaren för att ge henne möjligheten att vidta egna rättsliga åtgärder och för att informera Hermoso om hennes rättigheter.
Hermoso har 15 dagar på sig att göra en anmälan mot Rubiales. Skulle hon inte göra det blir det svårt för åklagarna att ta fallet vidare, uppger källor för AFP.
Rätten säger att man mottagit flera rättsliga klagomål kring Rubiales kyss – men ännu inget från Hermoso. Om kyssen skedde utan samtycke skulle den räknas som ett sexuellt övergrepp enligt spansk lag.
Det har stormat rejält kring Luis Rubiales sedan den omtalade kyssen. Han har kritiserats hårt i fotbollsvärlden och samtliga spanska VM-spelare har valt att bojkotta landslaget och alla tränare i det, förutom förbundskaptenen, har sagt upp sig i protest.
Rubiales har stängts av Internationella fotbollsförbundet Fifa i tre månader under utredning.