"Det blir ett smärtfritt avslut där jag och klubben pratat under en längre tid och kommit fram till att detta är det bästa för bägge parter. Jag har haft ett väldigt bra fotbollsår i MAIF och trivts väldigt bra", säger Brännström i en kommentar på klubbens hemsida.
Brännström anslöt till Mjällby inför den här säsongen.
"Det är klart att i den bästa av världar så kan man arbeta med samma tränare under längre tid. Samtidigt bygger föreningen kontinuitet och identitet på andra sätt som vi ser som väldigt hållbara över tid", säger Mjällbys klubbchef Jacob Lennartsson.
Även assisterande tränaren Patrick Winqvist lämnar klubben.
Mjällby är nia i allsvenskan med fyra omgångar kvar.