Barcelonaanfallaren gjorde 1–0-målet i lördagens ligamatch mot Celta Vigo, men tvingades senare utgå med en ljumskskada.
Fati ersätts i den spanska truppen av Espanyols Raul de Tomas.
Med två omgångar kvar i kvalgrupp B leder Sverige två poäng före Spanien. Bara ettan går direkt till VM, medan tvåan får spela playoff.