Beskedet att två personer inom klubben testats positivt kom under söndagen, bara fyra dagar före Champions League-kvartsfinalen mot RB Leipzig i Portugal.
Resten av laget har under måndagen fått negativa provsvar från en ny testomgång och klubben skriver på sin webbplats att man tänker återgå till träning under eftermiddagen efter att man tidigare ställt in en träning i väntan på provsvaren.
Atlético kommer att resa till Lissabon under tisdagen, en dag senare än planerat, och Uefa meddelar enligt AFP att "matchen ska spelas som planerat" på torsdag.