Agüero lämnade engelska Manchester City efter tio år och skrev i slutet av maj på för den katalanska fotbollsklubben. Men debuten lär dröja.
"Undersökningen visar att Kun Agüero har en skada på sin högra vad. Han blir borta runt tio veckor", skriver Barcelona på sin Twitter.
Det andra tunga avbräcket på kort tid för Barcelona, som i förra veckan meddelade att storstjärnan Lionel Messi lämnar klubben efter 21 år.
La Liga-säsongen inleds på fredag. På söndag premiärspelar Barcelona hemma mot Alexander Isaks Real Sociedad.