Schweiziskan Ana-Maria Crnogorčević ordnade dock en poäng när hon kvitterade till 1–1 i 80:e minuten.
Barcelona, som redan har vunnit La Liga, ställde upp med ett reservbetonat lag då klubben är i tidiga förberedelser inför Champions League-finalen mot tyska Wolfsburg den 3 juni.
Poängtappet var klubbens första sedan 3–4-förlusten mot Atlético Madrid den 1 juni 2021.
Svenska landslagsspelaren Fridolina Rolfö dras med knäproblem och var inte med mot Sevilla.