34-åringen är knäskadad.
"Eric Maxim Choupo-Moting kommer inte att resa med laget till Manchester. Anfallaren har knäbesvär", skriver klubben i ett uttalande.
Bayerns anfallsstjärna har gjort tio mål i Bundesliga den här säsongen. Han missade helgens segermatch mot Freiburg (1–0) av samma anledning.
Manchester City tar emot Bayern München på tisdag. Returmötet spelas veckan därpå i München.