Ordföranden Luis Felipe Vieira, en klubbadministratör samt två företag som skött klubben och äger dess arena misstänks ha undanhållit 600 000 euro, motsvarande cirka 6,2 miljoner kronor, av klubbens pengar från beskattning åren 2016-2017.
Det skriver klubben i ett uttalande.
Benfica vann ligan i fjol.