"RFEF vill be om ursäkt för det totalt oacceptabla beteendet från vår högst uppsatte anställda i samband med VM-finalen och det som följde efteråt", säger förbundet i ett uttalande.
Efter VM-finalen, som Spanien vann, stängdes Rubiales av i tre månader av Internationella fotbollsförbundet Fifa. Många förväntade sig att han skulle avgå men han har än så länge vägrat.
Rubiales hävdar att kyssen var i samförstånd medan Hermoso menar att den var "ett övergrepp".
Förbundet har kritiserats
"Skadan detta har orsakat den spanska fotbollen, den spanska idrotten, det spanska samhället och fotbollen och sportens värderingar i stort har varit enorm. Vi ber särskilt om ursäkt till spelarna i det spanska damlandslaget", säger RFEF.
Förbundet menar att Rubiales kommentarer efteråt har varit "olämpliga", "meningslösa" och "inte förenliga med RFEF:s position".
RFEF fick i sin tur kritik för att inte omedelbart ha krävt Rubiales avgång. Avgångskravet kom först åtta dagar efter incidenten. De säger sig vara "ledsna" och "besvärade" av den upprördhet de orsakat.
Möter Sverige snart
Nu ska man ha öppnat en utredning av Rubiales agerande för att säkerställa att det inte sker igen.
Det spanska fotbollsförbundet ska även göra en grundlig genomgång av alla policys inom organisationen och förbereder nya åtgärder som ska förbättra förbundets ledarskap och som ska försöka reparera den skada som orsakats.
Det guldvinnande spanska landslaget har bojkottat spel under den nuvarande ledningen. Spanien möter Sverige i Nations League i Göteborg den 22 september.