Avstängningen börjar gälla från i dag och 90 dagar framöver och omfattar all nationell och internationell fotboll.
Rubiales förbjuds också från att försöka ta kontakt med Jennifer Hermoso eller folk i hennes närhet. Det gäller även det spanska förbundet och dess anställda.
Nu meddelar det spanska förbundet att de har mottagit beskedet om avstängningen. Vice ordförande Pedro Rocha Junco blir interimordförande under avstängningen.
Enligt förbundet säger Luis Rubiales att avstängningen är en möjlighet för "sanningen att segra och hans fullständiga oskuld att bevisas".
Fifa öppnade under torsdagen ett disciplinärende mot Rubiales efter att han fångats på bild när han kysste Jennifer Hermoso i samband med prisutdelningen.
Bojkottar landslaget
Själv menar Rubiales att kyssen var i samförstånd med Hermoso och meddelade under fredagen att han inte kommer att avgå från sin post.
Det fick hela spanska VM-truppen att bojkotta landslagsspel under den nuvarande ledningen.
Hermoso beskrev kyssen som ett övergrepp och sade att det var en "impulsiv och malplacerad machohandling".
Rubiales har kritiserats hårt runtom i fotbollsvärlden, bland annat har både det engelska och svenska landslagen fördömt hans handlingar.
Hög Uefa-post
Det spanska fotbollsförbundet har dock tagit sin ordförande i försvar och menar att Hermoso ljuger kring händelseförloppet och att man kommer att vidta rättsliga åtgärder.
Luis Rubiales sitter även på en post som en av Europeiska fotbollsförbundet Uefas vice ordförande. Uefa har ännu inte uttalat sig kring incidenten.
De spanska landslagsspelarnas bojkott kan få sportsliga konsekvenser för svensk fotboll. Om nästan en månad, den 22 september, är det tänkt att världsmästaren Spanien ska möte Sverige i Nations League, som även gäller som kval till OS i Paris nästa år.