Otäcka scener utspelade sig i första halvlekens slutskede när BP:s Kevin Ackermann nickade ihop med Hammarbys landslagsback Edvin Kurtulus.
Medan Kurtulus tvingades byta kunde en bandagerad Ackermann spela vidare.
Det skulle bli avgörande.
Mittfältaren gjorde matchens enda mål när han sköt 1–0 i den 56:e minuten.
– Känslan är otroligt bra just nu, jättekul. Trots resultaten på sistone vet vi att vi kan vinna fotbollsmatcher. Vi tror på det och i dag har vi marginalerna med oss. En otroligt bra laginsats från samtliga, säger matchhjälten i Discovery+.
Segern var nykomlingens första sedan sommaruppehållet efter fyra raka förluster.
Hammarby, som kom till derbyt med dubbla segrar i bagaget, hade svårt att få det att lossna.
Närmast i den första halvleken kom målfarlige Jusef Erabi med en nick i stolpen.
– Vi har ganska bra koll. Vi har många chanser att göra mål på. Det är mycket otur. Vi skulle haft en straff när han (backen) drar ner mig. Det är helt sjukt att de inte ser det. Det är segt som fan, säger Erabi.
Efter BP:s mål var det Viktor Dukanovic som hade det bästa kvitteringsläget, men han stoppades av debuterande BP-keepern Lucas Hägg-Johansson.
Hammarby ligger nu åtta i allsvenskan, på samma poäng men med bättre målskillnad än BP. "Bajen" har dock spelat en match fler.
För Hammarby väntar kval till Conference League borta mot nederländska Twente på torsdagskvällen.
Brommapojkarna möter Degerfors på Stora Valla nästa lördag.